Im Home Verzeichnis erstellst du eine Datei mit den Namen .Xresources
In dieser datei wird die Doppelklick-Geschwindigkeit für alle Java Programme, auch für JDownloader eingetragen.
Für mich passt der Wert 400 ganz gut.
Also trägst du folgende Zeile ein:
*multiClickTime: 400
Nach einem Neustart von Ubuntu oder Java, wird die neue Doppelklick-Geschwindigkeit aktiv.
Getestet habe ich das mit Ubuntu 11.04